微生物专业的研究生工作前途不错的。微生物专业工作规划方向为农、林、牧、渔类企业：生物研究、生物技术、生产管理、技术开发； 医药类企业：生物工程、生物制药、生化实验； 教育类企业：生物教师、生物产品教研。总的来说，微生物学研究生工作前途广阔。
微生物学相对来说是一个很成熟的专业，产业界也有着成熟的系统， 如酸奶，啤酒等的食品发酵产业，抗生素发酵产业等。但是由于这一些行业已经很成熟，而且并不是高的附加价值的产业，所以毕业生的薪资并不高。现在相对来说比较有前景的方向是利用微生物来生产分子药，但是这些药品需要大量的投资以及强大的研发能力，一般都是有钱有实力的大药厂才可以研发生产。如果学生想进入这些大的制药公司，那么一个本科文凭显然是不够的，这就需要学生有一定的科研实力才能够找到一个很好的工作。
另一方面，微生物的学生还能从事针对人体的病原微生物做研究的工作。这些工作通常都是医学相关，也更加容易获得政府的研究经费，但是这样的工作同样是需要一个比较高的文凭和研究实力做支撑的。